בשעה 12:33 קמו זוג האירופאים ממושבם שבמחלקה הראשונה: הצעירה פנתה לעבר הדלת שהפרידה בין המחלקה לבין תא הטייסם, והצעיר הרים כוס שמפנייה לנגד עיני הנוסעים - האות להתחלת הפעולה. באותו רגע היה נדמה לקברניט שקולות נוסעים עולים מהתא שמאחריו, הוא הורה לעוזרו, מהנדס הטיסה, ז'אק ללאומן לבדוק את הנעשה והלה הופתע כשמצא את הצעיר עומד מולו, אוחז באקדח ובידו השמאלית רימון יד. שני שחומי העור ממחלקת התיירים התרוממו ממקומם וכבר לא היו אדיבים כל כך הם החלו דוהרים במסדרונות המטוס, מנופפים באקדחים ומאיימים על חיי הנוסעים, אנשי הצוות והטייסים.
טיסה 1398 נחטפה ברגע זה.
המטוס הוסיף לנסוק, מאיץ את מהירותו עד כדי סכנה, פעמון אזעקה צפר, דבר שהבהיל את המחבלים עוד יותר והגביר את הפאניקה וההיסטריה במטוס.
בשעה 12:59 לפי שעון ישראל, הגיע פקס בהול אל חברת "אייר פראנס": "אבד קשר הרדיו עם טיסה 139. המטוס נעלם ממסכי הראדר..." ידיעה הועברה במהירות אל מנהל נמל בן גוריון. משם לשר התחבורה, משם אל מזכירו הצבאי של רה"מ וממנו לרה"מ.
רה"מ ששהה בחדר הישיבות עם שאר שריו, הודיע להם נחרצות על הידיעה שקיבל. הידיעה הגיעה במהירות גם אל מערכת "ידיעות אחרונות" והכותרות זעקו.
בנתיים, במטוס, השתוללה ההיסטריה. המטוס שינה כיוון טיסה אל דרום מזרח כשצעקות עזות עטות מכיוון המחלקה הראשונה - נוסעיה נדחקו למחלקת תיירים. היה צפוף. באיומי אקדח אילץ הצעיר הבלונדיני את ז'אק ושאר צוות הטייסים לטוס לעבר האי מיקונוס, הוא השתולל כאחוז אמוק. המחבלים הסבו את שם המטוס ל"חיפה" והודיעו רשמית ברמקול כי המטוס נחטף. לכל שנשמע ברמקול היה מבטא דרום אמריקאי או גרמני. אח"כ עברו הנוסעים חיפוש בחפציהם ועל גופם.
"החזית העממית לשחרור פלשתין" - כך נקרא ארגון המחבלים שמטעמו נשלחו ארבעת הטרוריסטים. הם דרשו מנמל התעופה הלובי להעמיד לרשותם מיכל דלק לעוד 4 שעות טיסה. בנתיים, חלקם נרגעו במקצת ורק המחבלת נותרה בהתקף עצבים. בארץ, כינס רה"מ ישיבת חרום ואף אחד לא נראה רגוע במקצת.
המחבל הבלונדיני דיבר ברמקול והסביר שהחטיפה בוצעה עקב פשעי ישראל, תקף גם את ארה"ב, גרמניה וצרפת שמכרה מטוסים לישראל, שיתפה פעולה עם המוסד ועזרה בבניית פצצת האטום.
מפקד המחבלים השגיח על הקברניט ועל מסלול הטיסה החדש - לעבר בנגאזי שבלוב.
אחת הנוסעות, פטרישיה מרטל, גמלה בדעתה לרדת מהמטוס ועוד לפני הנחיתה בלוב היא החלה בהצגה שלוותה בעיוות פנים, זיעה וחיוורון. היא ירדה מהמטוס בלוב בליווי רופא לובי והדרכון הבריטי לשה. היא חששה לחייה ופחדה שדרכונה הישראלי ייחשף וכדי להקדים תרופה למכה, ציינה באוזני השוטרים הלוביים שמגוריה כעת הינם בישראל.
בנתיים, בישיבת הממשלה החליטו:
· פגישה דחופה עם שר החוץ הצרפתי
· פניה של שר התחבורה אל נשיא "אי.סי.איי.אי" וידרוש פעולה למען שחרור הנוסעים.
· הקמת לשכת קשר מיוחד עם משפחות החטופים.
· הפעלת לחץ על נשיא "אייר פראנס".
· נקיטת אמצעים למקרה והמטוס ינחת בישראל.
· ניסיון למנוע כל פרסום של ידיעות בלתי מבוססות על כוונות הממשלה ושמות החטופים.
פטרישיה נפגשה עם הנציג הבריטי בלוב ופניה היו כבר לעבר לונדון.
בלוב, תודלק המטוס והיה נראה שהשלטונות אינם מעונינים בנוכחות המטוס שם. המחבלים אספו את כל התעודות המזהות והמסמכים שהיו מצויים בידי החטופים. בשעה 21:35 יצא המטוס מלוב.