נפתלי בן-ציון נולד בפתח תקווה בי' בטבת תשמ"ח (30.12.1987), בן זקונים להוריו חוה ומאיר אחרי חמישה בנים וארבע בנות. למד בבית הספר היסודי "דרכי נועם" בפתח תקווה והמשיך לישיבה התיכונית "בני חיל" בקדומים.
נער עם חיוך תמידי ושובה לב, חבר טוב ואהוב על כל הסובבים אותו. שיחק כדורגל וכדורסל, למד ג'ודו וקראטה, והיה מוכשר במלאכות יד של עץ, אבן ופיסול.
נפתלי היה בן טוב שבכל הזדמנות רץ לעזור, דאג תמיד קודם לאחרים ורק אחר-כך לעצמו.
היה חבר בתנועות הנוער "בני עקיבא" ו"עזרא", ידע להביע את עצמו ודעותיו בנימוס רב. ביקש מחבריו להשתדל להיות מאוחדים יותר, רציניים יותר, מגובשים ואוהבים יותר איש את רעהו. רק כך, האמין נפתלי, ניתן יהיה להגיע להישגים חברתיים, ואולי אף התכוון (למרות שלא אמר זאת במפורש) שכך יהיה ניתן לבנות עולם טוב יותר, מתוקן יותר, ואהוב על הקב"ה ועל בני האדם.
ביום רביעי ד' בניסן תשס"א (28.03.2001) יצא נפתלי כמדי בוקר בהסעה מביתו לישיבה בקדומים. בתחנת הדלק ליד נווה ימין התאספו הנערים והמתינו לאוטובוס ממוגן.
מחבל נושא חומר נפץ התקרב אל החבורה והתפוצץ לידם, בפיגוע נהרגו נפתלי וחברו אלירן רוזנברג.
נפתלי בן-ציון היה בן 13 שנים ושלושה חדשים במותו, הניח הורים ותשעה אחים ואחיות. הובא למנוחות בבית העלמין בסגולה, פתח תקווה.