ביום שני, ה-2 ביולי, הוצגה התוכנית בפני ראשי מערכת הבטחון. הרמטכ"ל, רב-אלוף מוטה גור, דרש הדגמה של הביצוע, ובעיקר של יכולת מטוסי ההרקולס לנחות בשדה לא מוכר בלילה חשוך.
"המראנו מלוד וטסנו אל המטרה, שהיתה שדה תעופה בסיני", סיפר שני. "איתנו במטוס היו הרמטכ"ל, ומפקד חיל-האוויר, האלוף בני פלד. ביצענו מספר יעפים מעל המטרה, כשהאחרונים היו ברמה כזו, שהוכיחה למפקדים שהמבצע ניתן לביצוע. ניתן היה להבחין שהרמטכ"ל שוכנע, והוא יתמוך באישור המבצע".
מטוסי ההרקולס חזרו לבסיס חיל-האוויר בלוד, והמריאו כמעט מיד לאחד מבסיסי חיל-האוויר, כדי להדגים בפני שר הבטחון דאז, שמעון פרס, חזרה כללית של המבצע, כפי שתוכנן להתבצע על הקרקע באנטבה. כדי שהאימון יהיה אותנטי ככל הניתן, הוקמו בבסיס מתקנים מאולתרים, שדימו את המבנים בשדה התעופה שבאנטבה. בחזרה השתתפו כל צוותי האוויר והלוחמים, שעמדו לצאת לבמצע.
"אחת הבעיות הקשות שהיו לי", סיפר שני, "היתה איוש צוותי המטוסים. נזקקתי בסך הכל לארבעה צוותים, אך היו לי כל-כך הרבה צוותים טובים וראויים, שהבחירה היתה קשה ביותר. אלה שלא נבחרו, לא סלחו לי עד היום. בחזרה תרגלו כל האירועים, שעלולים היו להתרחש על הקרקע באנטבה. האימון הצליח כל-כך, עד כי ראשי מערכת הבטחון, שצפו בנו מהקרקע, לא הצליחו לראות כלל את המטוסים הנוחתים. זאת, כמובן, היתה המטרה שלנו".
ביום שבת, ה-3 ביולי, כונסו כל הכוחות המשתתפים במבצע לתדריך אחרון, כאשר עדיין אין אישור של הממשלה לפעולה. ארבעת ההרקולסים העמוסים בכוח סיירת מטכ"ל ובכוחות האחרים המריאו לבסיס דרומי של חיל-האוויר, לצורך תדלוק והמתנה. עשר דקות לפני מועד ההמראה המתוכנן, ניתן אור ירוק מהממשלה למבצע 'כדור הרעם', וארבעת ההרקולסים הסתדרו על המסלול לקראת ההמראה. כוח סיירת מטכ"ל, ועימו שני לאנדרוברים ומכונית המרצדס השחורה, שהיתה אמורה לדמות את מכונית השרד של אידי אמין, נמצא במטוס הראשון, שמוטס בידי שיקי שני.
המטוסים המריאו בזה אחר זה, ויצאו לדרכם הארוכה והרת-הסכנה.