בבוקר 7 ביוני נותרו בשומרון כוחות ירדניים מאורגנים לקרב באיזור שכם בלבד. הכוח העיקרי היה גדוד הטנקים 2 מחטיבת השריון 40, שנסוג לעבר שכם כמעט בשלמותו. כאשר הוא מנהל קרב השהיה באיזור סילת א-זהר מול הגדוד הממוכן שבפיקוד סא"ל לוי מחטיבה 45. תוך כדי לחימה קיבל כוח זה הוראה לתפוס עמדות הגנה במבואות המערביים של שכם, ניתק מגע ונע ליעדו. עוד פלוגת טנקים אחת שימשה כמאסף ונערכה באיזור סבסטיה-דיר שרף. חטיבת שריון 37 קיבלה הוראה ממפקדת אוגדת פלד להתקדם לעבר שכם במהירות ולחסום את הצירים לגשר דמיא ולטלוזה. המח"ט אל"מ אורי רום חדר לעיר בראש כוח קטן, מחלקת טנקים וצוות סיור נערכו לחסימה במבואות המערביים בעת כניסתו של גדוד הטנקים הירדני לעיר. בהיתקלות הושמד כוח החלוץ הירדני, ובכללו מפקדת הגדוד, והקרב הוכרע למעשה. השריון הירדני, שנלכד ללא מוצא בוואדי תופאח, נפגע גם בתקיפת מטוסי חיל-האויר. הכוח הישראלי היה צמוד לכוח הירדני, עד כי המטוסים פגעו בטעות גם בכוח החסימה. בעיר עצמה התנהלה לחימה בצלפים, שהתמקמו בבתים שבמורדות הר גריזים והר עיבל ושלטו על מרכז העיר. המח"ט ניסה לאתר את ראש העיר, חמדי כנען, ולהניעו להכרזה כל כניעה. לעת ערב קיבל ראש העיר את תנאי הכניעה ויצא להכריז עליה, כשהוא נוסע בג'יפ מצוייד ברמקול, וטנק מלווה אותו.