משך השירות של אנשי הפלי"ם ותכניו היו שונים מהנהוג ביתר יחידות הפלמ"ח וה'הגנה'. אנשי הפלי"ם גוייסו לתקופה של שלוש שנים לפחות, שירתו ברציפות והקדישו את כל זמנם לפעילות ביחידה. בדרך זו זכו לרמת אימונים משופרת; התקיימה הכשרה סדירה ומחזורית של צוותים, מדריכים ומפקדים; נוצר בסיס פיקודי רחב לפלוגה, שהגדיל את כושר הקליטה ויכולת ההתרחבות שלה. במרוצת הזמן הפך הפלי"ם לכוח הנכון בכל עת לפעולה. נוסף על האימון הימי, קיבלו רוב החובלים הכשרה כקציני חיל-רגלים בקורסים השנתיים למפקדי מחלקות של ה'הגנה'. הוא הדין לגבי מפקדי הסירות שהשתלמו בבתי-הספר למפקדי כיתות רגלים של הפלמ"ח.
האימון היבשתי והאימון הימי התובעני סייעו בפיתוחו של טיפוס לוחם בפלי"ם שמיזג את תכונות איש הים ולוחם היבשה. האווירה שעוצבה בפלי"ם הייתה בעלת גוון עממי יותר מזו שביתר יחידות הפלמ"ח. היחידה הצטיינה ברצונם של אנשיה ללמוד ולהרחיב את ידיעותיהם העיוניות והמעשיות בעבודת הים. הם רכשו במהלך אימוניהם מקצוע של 'איש ים', ולא נותרו בגדר לוחמים בלבד.
המניע המרכזי להצטרפות לפלוגה היה עיסוקה בתחום ההעפלה. אנשיה ראו בפעילותם לא רק כורח צבאי והשתתפות בהשגת יעד מדיני, אלא, קודם לכל, שליחות אנושית. הרגשה זו היוותה גורם מכריע בקביעת ציביונו המיוחד של הפלי"ם. האימונים המורכבים בצד 'רוח היחידה', הביאו את אנשיה ליכולת מבצעית גבוהה ומגוונת ותרמו במידה משמעותית לפעילותם בהעפלה ובמבצעי החבלה הימית.