הקרב על ג'נין במלחמת העצמאות, נקרא מבצע "יצחק". במבצע זה ניסו כוחות מחטיבות "כרמלי" ו"גולני" לכבוש את ג'נין. אחת ההתקפות החטיבתיות הראשונות. מטרת המבצע היתה למנוע מהכוחות העיראקיים שבמשולש וכוחות קאוקג'י שמצפון לבתר את עמק-יזרעאל. על אף הכשלון נבלם למעשה הצבא העיראקי ומאז נמנע מהתקפות גדולות. כהכנה למבצע נגד ג'נין כבשו כוחות מ"גולני", במבצע "ארז", החל ב-29 במאי 1948, את הכפרים זראין, נוריס, מזאר, סנדלה וערבונה. המבצע החל ב-1 ביוני 1948. גדוד מחטיבת "גולני" כבש את הכפרים מוקיבלה, ועראנה. את חלקו השני של המבצע, שהוטל על הכוח מ"כרמלי", נאלצו לדחות ללילה הבא. בלילה של ה-2 ביוני תפשו שני גדודים מחטיבת "כרמלי" את המשלטים שמדרום-מזרח ומדרום-מערב לעיר, וג'נין כותרה למעשה. בשעות שלפני-הצהריים הגיע לאיזור גדוד עיראקי מוגבר ופתח בהתקפה. על סמך ידיעות מודיעיניות סבר הפיקוד הישראלי כי העירקאים נטשו את העיר, ולא העריך כיאות את מהירותה של התגבורת העיראקית. אירעו עוד תקלות שסייעו לכשלון. הקשר בין המיפקדות ליחידות, ובינן לבין עצמן, היה לקוי ביותר. סיוע של שני מטוסים שהבטיח המטכ"ל לא הגיע. התקפות-ההסחה שתוכננו לא בוצעו כלל, העיראקים הבינו היכן מתרכזת ההתקפה העיקרית של צה"ל. הם הסתייעו במטוסים ובארטילריה. לאנשי "כרמלי" היתה זו ההפגזה הראשונה. רבים נפגעו מכיון שלא התחפרו. מפקדת גדוד 21 של "כרמלי" נפגעה פגיעה ישירה. השליטה על הגדוד אבדה ולפלוגה הדרומית ניתנה פקודת נסיגה בלא אישור המג"ד. הגדוד החל בנסיגה לא-מסודרת ופצועים רבים הושארו בשטח ובבתי העיירה. חלק מהפצועים ושבויים בריאים שנתפשו בידי חיילים עיראקים ומקומיים הוצאו להורג. פצועים אחרים חולצו בלילה שלמחרת, או נסוגו בעצמם לקוים הישראליים. בפעולה זו נגד הכוחות העיראקיים והמקומיים היו לצה"ל 34 הרוגים ונעדרים וכ-100 פצועים. ב-9 ביוני ניסה שוב כוח של "גולני" לתפוש את משטרת ג'נין, אך נכשל.