"המאבק על המים" בשנים 1964-1966 (יש המכנים תקופה זו בשם "המלחמה על המים") היה בעיקרו מאמץ ישראלי מתמשך לסכל את התוכנית הערבית-הסורית להטות את מקורות הירדן ע"י הכשרת תעלות ומנהרות מאזור הבניאס בצפון רמת-הגולן ועד למחוייבה והירמוך.
לוחמי גולני נטלו חלק ב"מאבק על המים" כלוחמי ח"יר במרחב פיקוד צפון, ובו-זמנית עסקו בפעילות "בטחון-שוטף" בכל הגזרות: חסימת הגבול והבטחת יישובי-ספר, הגנה על חקלאים ומעבדי האדמות בקרבת קו הגבול, סיכול פעולות חבלה וטרור והבטחת חופש השיט והדיג בכנרת. מפקדי החטיבה בתקופה זו היו אורי בר-רצון ז"ל ( 1963-1965) ושלמה אלטון ז"ל (1965-1966), שהמשיכו את פועלם של המח"טים הקודמים בגיבוש רוח-הלחימה, שמירת מתח אימונים גבוה וטיפוח גאוות-היחידה והמשמעת בכל יחידות-החטיבה.
באותה תקופה הוקם בית-הספר החטיבתי לטירונים, הסיירת הורחבה למסגרת פלוגתית, וביה"ס למ"כים הורחב למסגרת גדודית. הושם דגש על הכושר הגופני , על כל סוגי לחימת-הלילה (פשיטות, סיורים אלימים ,מארבים) וטיהור יעדים מבוצרים בפרט.